| Автор |
Сообщение |
Dan758Дед
Сообщения: 1276
Зарегистрирован: 28.01.2004
Откуда: Челябинск
|
|
 Добавлено: Ср 02 Июнь 2004 21:48 Заголовок сообщения: ТОМОГРАФИЯ |
 |
|
Расскажите о ТЭМ томографии кто-нибудь...
Оборудование, методы, возможные к исследованию объекты, информативность и практическое применение - в общем всё, что знаете.
|
|
|
|
|
 |
DushaДед
Сообщения: 2199
Зарегистрирован: 23.01.2003
|
|
| Добавлено: Пн 07 Июнь 2004 23:57 Заголовок сообщения: |
|
|
| Цитата: |
Расскажите о ТЭМ томографии кто-нибудь
|
А вот сейчас olegabr, вернувшись с Черноголовки, подлечит печенку и все нам расскажет 
Заодно может раскачаем кого из биологов совместный грант написать на эту тему.
Оборудование:
- микроскоп, лучше 200кВ, поскольку глубина резкости больше и при наклоне толщина сильно растет, надо просвечивать.
- боковой гониометр с углом наклона >+-70 град, лучше, если еще и с вращением, чтобы с нескольких азимутов серии снимать.
- компьютер, это нетривиально, поскольку куб данных 1000х1000х1000 действительных точек это уже 4 гигабайта, а это одна картинка.
- софт.
Методы:
-эксперимент: берем толстый образец и снимаем серию через градус с наклонами от -70 до +70, лучше больше.
- расчеты: масса, надо только выбрать адекватный - 3D фурье, обратные прекции с разными схемами взвешивания, вейвлеты, как обнаружилось в Черноголовке, другие замудренные алгоритмы, очень много наработок в рентгеновской томографии.
Объекты: цитологи эксплуатируют метод уже 30 лет, так что основные объекты - клеточные структуры. В материаловедении проблема - диффракционный контраст, все алгоритмы на этом ломаются. Мы будем с этим бороться, но результат непредсказуем.
Информативность: от догадок, сделанных по срезам и проекциям - к "пощупать 3D руками" и разглядеть со всех сторон.
Больше ничего не знаю, хоть стреляйте! 
|
|
|
|
|
|
Dan758Дед
Сообщения: 1276
Зарегистрирован: 28.01.2004
Откуда: Челябинск
|
|
| Добавлено: Чт 10 Июнь 2004 20:24 Заголовок сообщения: |
|
|
Спасибо.
патроны пока побережем....
_________________
Цапу надо было крутить! Цапу! (c)
"Я не профессионал, я широко и раскованно мыслящий дилетант" (c)
|
|
|
|
|
|
ZhizhНовенький
Сообщения: 14
Зарегистрирован: 07.02.2007
Откуда: Москва
|
|
| Добавлено: Пн 11 Июнь 2007 18:30 Заголовок сообщения: |
|
|
а кто нибудь занимается томограммой толстых срезов применимо к биологическим объектам?
Скажите, люди знающие, вот такая проблема - возможно ли использование 100 киловольтной машины, что бы работать с томограммами 150 нм срезов?
|
|
|
|
|
|
Dan758Дед
Сообщения: 1276
Зарегистрирован: 28.01.2004
Откуда: Челябинск
|
|
| Добавлено: Пн 11 Июнь 2007 20:27 Заголовок сообщения: |
|
|
микроскоп (на 120 кВ, правда всего), но с правильным гониометром есть.
Вообще, лапки чешутся совместить томографию с прелестями EFTEM, чует мой спинной мозг - можно что-то...
Только вот теоретическая база в черепной коробке отсутствует....
Может, замутим?
_________________
Цапу надо было крутить! Цапу! (c)
"Я не профессионал, я широко и раскованно мыслящий дилетант" (c)
|
|
|
|
|
|
DushaДед
Сообщения: 2199
Зарегистрирован: 23.01.2003
|
|
| Добавлено: Пн 11 Июнь 2007 20:58 Заголовок сообщения: |
|
|
| Цитата: |
возможно ли использование 100 киловольтной машины, что бы работать с томограммами 150 нм срезов?
|
Проблематично 
При наклоне 70 град это будет уже почти полмикрона - пожалуй многовато для 100кВ.
С фильтрацией наверное пойдет, особенно если смотреть в максимальных потерях.
Если есть возможность сканирования - это сильно с толщиной помогает. И с глубиной резкости, кстати, тоже.
А какие, собственно, проблемы? 
_________________
- Мудрый Каа, что же нам делать?!!
- Ждитессссссс.......
|
|
|
|
|
|
ZhizhНовенький
Сообщения: 14
Зарегистрирован: 07.02.2007
Откуда: Москва
|
|
| Добавлено: Вт 12 Июнь 2007 19:07 Заголовок сообщения: |
|
|
| Dusha писал(а): |
При наклоне 70 град это будет уже почти полмикрона - пожалуй многовато для 100кВ.
|
Ясно. Но я немного соврал - у нас 120 кВ машина, и срезы в принципе можно делать поменьше, просто потом как этот "бутерброд"сшивать?
| Dusha писал(а): |
С фильтрацией наверное пойдет, особенно если смотреть в максимальных потерях.
Если есть возможность сканирования - это сильно с толщиной помогает. И с глубиной резкости, кстати, тоже.
|
Объясните это немного поподробнее, пожалуйста, дело в том что я не физик, я микробиолог, и электронный микроскоп мы используем как рабочую лошадку для ультратонких срезов своих зверушек...
|
|
|
|
|
|
DushaДед
Сообщения: 2199
Зарегистрирован: 23.01.2003
|
|
| Добавлено: Вт 12 Июнь 2007 22:57 Заголовок сообщения: |
|
|
| Цитата: |
просто потом как этот "бутерброд"сшивать?
|
Первое - надо почитать теорию. Это в библиотеке, в интернете много ресурсов, диссер есть опять же в библиотеке.
Второе - если есть томо софт при микроскопе - это сильно все упрощает, и это совсем другой разговор.
Если софта нет - это сложнее, но не сильно, основные проблемы будут с экспериментом.
Какой у Вас аппарат? Он позволяет вообще на 70-80 град поворачивать?
Давайте Вы посмотрите диссер Абросимова и тогда зададите вопросы?
| Цитата: |
Объясните это немного поподробнее
|
При больших толщинах электроны в основном рассеиваются неупруго, с потерей энергии. Из-за хроматической аберрации объектива электроны разных энергий фокусируются в разных плоскостях, поэтому картинка получается размытая. Возможный выход из положения - отфильтровать электроны определенной энергии и формировать изображение только в них. В этом случае имеет смысл выбирать энергию с максимальным "содержанием" электронов. При малых толщинах - это нулевые потери, начиная же с определенной толщины максимум распределения начинает смещаться и поэтому интересно следовать за ним.
В автоматических системах регистрации томограмм сейчас есть схемы, которые отслеживают пик интенсивности на спектре потерь (он будет зависеть от толщины, а значит и от угла наклона) и регистрируют картинку именно на этом пике.
Но для этого на микроскопе должен быть как минимум энергетический фильтр.
Насчет сканирования: если Ваш прибор позволяет получать картинки в сканируещем напросвет режиме, то это решает много проблем (экспериментальных). Дело в том, что детектору в скане наплевать на энергию электронов, резкость картинки определяется не столько неупругим рассеянием в образце, сколько размером исходного пучка. Поэтому сканирующие картинки от толстых образцов выглядят намного лучше, чем простой просвет. Есть еще одно преимущество, связанное с глубиной резкости, но об этом лучше потом.
_________________
- Мудрый Каа, что же нам делать?!!
- Ждитессссссс.......
|
|
|
|
|
|
injenerДед
Сообщения: 3196
Зарегистрирован: 21.12.2004
Откуда: Московская область
|
|
| Добавлено: Ср 13 Июнь 2007 13:14 Заголовок сообщения: |
|
|
| Цитата: |
| резкость картинки определяется не столько неупругим рассеянием в образце, сколько размером исходного пучка. |
Это, кстати, как? Если все равно на просвет... 
|
|
|
|
|
|
DushaДед
Сообщения: 2199
Зарегистрирован: 23.01.2003
|
|
| Добавлено: Ср 13 Июнь 2007 14:31 Заголовок сообщения: |
|
|
| Цитата: |
Это, кстати, как? Если все равно на просвет
|
Так картинка НЕ формируется линзами после образца, соответственно их хроматическая аберрация вклада не дает
_________________
- Мудрый Каа, что же нам делать?!!
- Ждитессссссс.......
|
|
|
|
|
|
Dan758Дед
Сообщения: 1276
Зарегистрирован: 28.01.2004
Откуда: Челябинск
|
|
| Добавлено: Чт 14 Июнь 2007 20:22 Заголовок сообщения: |
|
|
Размер исходного пучка? Извините, не догоняю...
Разъясните, плз...
_________________
Цапу надо было крутить! Цапу! (c)
"Я не профессионал, я широко и раскованно мыслящий дилетант" (c)
|
|
|
|
|
|
DushaДед
Сообщения: 2199
Зарегистрирован: 23.01.2003
|
|
| Добавлено: Чт 14 Июнь 2007 21:36 Заголовок сообщения: |
|
|
| Цитата: |
Размер исходного пучка?
|
Ну, как водится в скане, разрешение определяется в первую очередь тем, насколько можно сфокусировать пучок. Что тут непонятного?
_________________
- Мудрый Каа, что же нам делать?!!
- Ждитессссссс.......
|
|
|
|
|
|
ZhizhНовенький
Сообщения: 14
Зарегистрирован: 07.02.2007
Откуда: Москва
|
|
| Добавлено: Чт 14 Июнь 2007 21:50 Заголовок сообщения: |
|
|
| Dusha писал(а): |
При больших толщинах электроны в основном рассеиваются неупруго, с потерей энергии. Из-за хроматической аберрации объектива электроны разных энергий фокусируются в разных плоскостях, поэтому картинка получается размытая. Возможный выход из положения - отфильтровать электроны определенной энергии и формировать изображение только в них. В этом случае имеет смысл выбирать энергию с максимальным "содержанием" электронов. При малых толщинах - это нулевые потери, начиная же с определенной толщины максимум распределения начинает смещаться и поэтому интересно следовать за ним.
В автоматических системах регистрации томограмм сейчас есть схемы, которые отслеживают пик интенсивности на спектре потерь (он будет зависеть от толщины, а значит и от угла наклона) и регистрируют картинку именно на этом пике.
Но для этого на микроскопе должен быть как минимум энергетический фильтр.
Насчет сканирования: если Ваш прибор позволяет получать картинки в сканируещем напросвет режиме, то это решает много проблем (экспериментальных). Дело в том, что детектору в скане наплевать на энергию электронов, резкость картинки определяется не столько неупругим рассеянием в образце, сколько размером исходного пучка. Поэтому сканирующие картинки от толстых образцов выглядят намного лучше, чем простой просвет. Есть еще одно преимущество, связанное с глубиной резкости, но об этом лучше потом. |
Я с удовольствием почитаю теорию, раз уж она присела на мозги и хочется замутить томограмму тонких резов, но через месяцок - как магистерскую защищу.
Томософта пока нет, вот скачиваем пока IMOD, но пока не разобпрался, не было времени что и как...Начинать, верно, с этого нужно? Или IMOD уже вчерашний день? Просто я напрямую с 3D реконструкцией не сталкивался, посему позвольте позадаю глупых вопросов
Аппарат Хитачи 120 киловольтный, с гониометром на 70 градусов, к сожалению машина пока завяла, вместе с инженером, но как инжеренер выздоровеет попытаемся восстановить её работоспособность...
Дисер Амбросимова, раз рекомендуете, попробую найти.
Последний раз редактировалось: Zhizh (Чт 14 Июнь 2007 22:22), всего редактировалось 2 раз(а)
|
|
|
|
|
|
ZhizhНовенький
Сообщения: 14
Зарегистрирован: 07.02.2007
Откуда: Москва
|
|
| Добавлено: Чт 14 Июнь 2007 21:56 Заголовок сообщения: |
|
|
| Dusha писал(а): |
При больших толщинах электроны в основном рассеиваются неупруго, с потерей энергии. Из-за хроматической аберрации объектива электроны разных энергий фокусируются в разных плоскостях, поэтому картинка получается размытая. Возможный выход из положения - отфильтровать электроны определенной энергии и формировать изображение только в них. В этом случае имеет смысл выбирать энергию с максимальным "содержанием" электронов. При малых толщинах - это нулевые потери, начиная же с определенной толщины максимум распределения начинает смещаться и поэтому интересно следовать за ним.
В автоматических системах регистрации томограмм сейчас есть схемы, которые отслеживают пик интенсивности на спектре потерь (он будет зависеть от толщины, а значит и от угла наклона) и регистрируют картинку именно на этом пике.
Но для этого на микроскопе должен быть как минимум энергетический фильтр.
Насчет сканирования: если Ваш прибор позволяет получать картинки в сканируещем напросвет режиме, то это решает много проблем (экспериментальных). Дело в том, что детектору в скане наплевать на энергию электронов, резкость картинки определяется не столько неупругим рассеянием в образце, сколько размером исходного пучка. Поэтому сканирующие картинки от толстых образцов выглядят намного лучше, чем простой просвет. Есть еще одно преимущество, связанное с глубиной резкости, но об этом лучше потом. |
Это почва для обдумывания...Спасибо. Вопросы потом задам. С уважением.
|
|
|
|
|
|
DushaДед
Сообщения: 2199
Зарегистрирован: 23.01.2003
|
|
| Добавлено: Чт 14 Июнь 2007 22:40 Заголовок сообщения: |
|
|
| Цитата: |
Или IMOD уже вчерашний день?
|
IMOD - один из лучших пакетов в настоящее время. По крайней мере, процедуры выравнивания там наиболее продвинутые из доступных программ.
Я выложил в библиотеку свои скрипты для DM для выравнивания и реконструкции, но в них точно без бутылки не разберешься.
| Цитата: |
Дисер Амбросимова, раз рекомендуете, попробую найти.
|
В библиотеке, раздел диссеры.
_________________
- Мудрый Каа, что же нам делать?!!
- Ждитессссссс.......
|
|
|
|
|
|
ZhizhНовенький
Сообщения: 14
Зарегистрирован: 07.02.2007
Откуда: Москва
|
|
| Добавлено: Чт 14 Июнь 2007 22:46 Заголовок сообщения: |
|
|
|
Спасибо, весьма благодарен.
|
|
|
|
|
|
pust2Бывалый
Сообщения: 329
Зарегистрирован: 07.08.2006
Откуда: Владивосток
|
|
| Добавлено: Пн 18 Июнь 2007 10:08 Заголовок сообщения: |
|
|
|
|
|
|
|
|
DushaДед
Сообщения: 2199
Зарегистрирован: 23.01.2003
|
|
| Добавлено: Пн 18 Июнь 2007 10:24 Заголовок сообщения: |
|
|
Да, это сильная команда.
Но в основном ориентация на биологов. Хотя основы для всех основные
_________________
- Мудрый Каа, что же нам делать?!!
- Ждитессссссс.......
|
|
|
|
|
|
pust2Бывалый
Сообщения: 329
Зарегистрирован: 07.08.2006
Откуда: Владивосток
|
|
| Добавлено: Пн 18 Июнь 2007 10:28 Заголовок сообщения: |
|
|
Отправил заявку, посмотрим, а то, что биологические объекты, так мне как говориться "фиолетово", что смотреть...
И попутно вопрос, что за зверь
| Цитата: |
IMOD - один из лучших пакетов в настоящее время
|
, где можно взять?
|
|
|
|
|
|
pust2Бывалый
Сообщения: 329
Зарегистрирован: 07.08.2006
Откуда: Владивосток
|
|
| Добавлено: Пн 18 Июнь 2007 10:46 Заголовок сообщения: |
|
|
Частенько бывает, задашь вопрос, а потом думаешь 
Вспомнил, как-то я пытался использовать этот пакет, только он потребовал CygWin - эмулятора линуха на винде, тяжко было - бросил. Сейчас поищу, попробую может появилась альтернатива...
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
Ответить
