Начало div  FAQ  div  Поиск  div  Пользователи  div  Группы  div  Избранное  div  Регистрация  div  Вход 
Список форумов Microscopist.ru arrow ПЭМ (Методы) arrow ТОМОГРАФИЯ

ТОМОГРАФИЯ
На страницу 1, 2  След.
Начать новую тему   Ответить на темуОтветить
Автор Сообщение
Dan758
Дед

Сообщения: 1276
Зарегистрирован: 28.01.2004
Откуда: Челябинск
СообщениеДобавлено: Ср 02 Июнь 2004 21:48    Заголовок сообщения: ТОМОГРАФИЯ Ответить с цитатой

Расскажите о ТЭМ томографии кто-нибудь...
Оборудование, методы, возможные к исследованию объекты, информативность и практическое применение - в общем всё, что знаете.
Посмотреть профиль Отправить личное сообщение Отправить e-mail ICQ Number
Dusha
Дед

Сообщения: 2197
Зарегистрирован: 23.01.2003
СообщениеДобавлено: Пн 07 Июнь 2004 23:57    Заголовок сообщения: Ответить с цитатой

Цитата:

Расскажите о ТЭМ томографии кто-нибудь


А вот сейчас olegabr, вернувшись с Черноголовки, подлечит печенку и все нам расскажет Very Happy
Заодно может раскачаем кого из биологов совместный грант написать на эту тему.

Оборудование:
- микроскоп, лучше 200кВ, поскольку глубина резкости больше и при наклоне толщина сильно растет, надо просвечивать.
- боковой гониометр с углом наклона >+-70 град, лучше, если еще и с вращением, чтобы с нескольких азимутов серии снимать.
- компьютер, это нетривиально, поскольку куб данных 1000х1000х1000 действительных точек это уже 4 гигабайта, а это одна картинка.
- софт.
Методы:
-эксперимент: берем толстый образец и снимаем серию через градус с наклонами от -70 до +70, лучше больше.
- расчеты: масса, надо только выбрать адекватный - 3D фурье, обратные прекции с разными схемами взвешивания, вейвлеты, как обнаружилось в Черноголовке, другие замудренные алгоритмы, очень много наработок в рентгеновской томографии.
Объекты: цитологи эксплуатируют метод уже 30 лет, так что основные объекты - клеточные структуры. В материаловедении проблема - диффракционный контраст, все алгоритмы на этом ломаются. Мы будем с этим бороться, но результат непредсказуем.
Информативность: от догадок, сделанных по срезам и проекциям - к "пощупать 3D руками" и разглядеть со всех сторон.

Больше ничего не знаю, хоть стреляйте! Mr. Green
Посмотреть профиль Отправить личное сообщение
Dan758
Дед

Сообщения: 1276
Зарегистрирован: 28.01.2004
Откуда: Челябинск
СообщениеДобавлено: Чт 10 Июнь 2004 20:24    Заголовок сообщения: Ответить с цитатой

Спасибо.


патроны пока побережем.... Mr. Green

_________________
Цапу надо было крутить! Цапу! (c)
"Я не профессионал, я широко и раскованно мыслящий дилетант" (c)
Посмотреть профиль Отправить личное сообщение Отправить e-mail ICQ Number
Zhizh
Новенький

Сообщения: 14
Зарегистрирован: 07.02.2007
Откуда: Москва
СообщениеДобавлено: Пн 11 Июнь 2007 18:30    Заголовок сообщения: Ответить с цитатой

а кто нибудь занимается томограммой толстых срезов применимо к биологическим объектам?
Скажите, люди знающие, вот такая проблема - возможно ли использование 100 киловольтной машины, что бы работать с томограммами 150 нм срезов?
Посмотреть профиль Отправить личное сообщение
Dan758
Дед

Сообщения: 1276
Зарегистрирован: 28.01.2004
Откуда: Челябинск
СообщениеДобавлено: Пн 11 Июнь 2007 20:27    Заголовок сообщения: Ответить с цитатой

микроскоп (на 120 кВ, правда всего), но с правильным гониометром есть.
Вообще, лапки чешутся совместить томографию с прелестями EFTEM, чует мой спинной мозг - можно что-то...
Только вот теоретическая база в черепной коробке отсутствует....
Может, замутим?

_________________
Цапу надо было крутить! Цапу! (c)
"Я не профессионал, я широко и раскованно мыслящий дилетант" (c)
Посмотреть профиль Отправить личное сообщение Отправить e-mail ICQ Number
Dusha
Дед

Сообщения: 2197
Зарегистрирован: 23.01.2003
СообщениеДобавлено: Пн 11 Июнь 2007 20:58    Заголовок сообщения: Ответить с цитатой

Цитата:

возможно ли использование 100 киловольтной машины, что бы работать с томограммами 150 нм срезов?

Проблематично Confused
При наклоне 70 град это будет уже почти полмикрона - пожалуй многовато для 100кВ.
С фильтрацией наверное пойдет, особенно если смотреть в максимальных потерях.
Если есть возможность сканирования - это сильно с толщиной помогает. И с глубиной резкости, кстати, тоже.
Цитата:

Может, замутим?

А какие, собственно, проблемы? Smile

_________________
- Мудрый Каа, что же нам делать?!!
- Ждитессссссс.......
Посмотреть профиль Отправить личное сообщение
Zhizh
Новенький

Сообщения: 14
Зарегистрирован: 07.02.2007
Откуда: Москва
СообщениеДобавлено: Вт 12 Июнь 2007 19:07    Заголовок сообщения: Ответить с цитатой

Dusha писал(а):
При наклоне 70 град это будет уже почти полмикрона - пожалуй многовато для 100кВ.

Ясно. Но я немного соврал - у нас 120 кВ машина, и срезы в принципе можно делать поменьше, просто потом как этот "бутерброд"сшивать?
Dusha писал(а):
С фильтрацией наверное пойдет, особенно если смотреть в максимальных потерях.
Если есть возможность сканирования - это сильно с толщиной помогает. И с глубиной резкости, кстати, тоже.

Объясните это немного поподробнее, пожалуйста, дело в том что я не физик, я микробиолог, и электронный микроскоп мы используем как рабочую лошадку для ультратонких срезов своих зверушек...
Посмотреть профиль Отправить личное сообщение
Dusha
Дед

Сообщения: 2197
Зарегистрирован: 23.01.2003
СообщениеДобавлено: Вт 12 Июнь 2007 22:57    Заголовок сообщения: Ответить с цитатой

Цитата:

просто потом как этот "бутерброд"сшивать?

Первое - надо почитать теорию. Это в библиотеке, в интернете много ресурсов, диссер есть опять же в библиотеке.
Второе - если есть томо софт при микроскопе - это сильно все упрощает, и это совсем другой разговор.
Если софта нет - это сложнее, но не сильно, основные проблемы будут с экспериментом.
Какой у Вас аппарат? Он позволяет вообще на 70-80 град поворачивать?
Давайте Вы посмотрите диссер Абросимова и тогда зададите вопросы?
Цитата:

Объясните это немного поподробнее

При больших толщинах электроны в основном рассеиваются неупруго, с потерей энергии. Из-за хроматической аберрации объектива электроны разных энергий фокусируются в разных плоскостях, поэтому картинка получается размытая. Возможный выход из положения - отфильтровать электроны определенной энергии и формировать изображение только в них. В этом случае имеет смысл выбирать энергию с максимальным "содержанием" электронов. При малых толщинах - это нулевые потери, начиная же с определенной толщины максимум распределения начинает смещаться и поэтому интересно следовать за ним.
В автоматических системах регистрации томограмм сейчас есть схемы, которые отслеживают пик интенсивности на спектре потерь (он будет зависеть от толщины, а значит и от угла наклона) и регистрируют картинку именно на этом пике.
Но для этого на микроскопе должен быть как минимум энергетический фильтр.
Насчет сканирования: если Ваш прибор позволяет получать картинки в сканируещем напросвет режиме, то это решает много проблем (экспериментальных). Дело в том, что детектору в скане наплевать на энергию электронов, резкость картинки определяется не столько неупругим рассеянием в образце, сколько размером исходного пучка. Поэтому сканирующие картинки от толстых образцов выглядят намного лучше, чем простой просвет. Есть еще одно преимущество, связанное с глубиной резкости, но об этом лучше потом.

_________________
- Мудрый Каа, что же нам делать?!!
- Ждитессссссс.......
Посмотреть профиль Отправить личное сообщение
injener
Дед

Сообщения: 3196
Зарегистрирован: 21.12.2004
Откуда: Московская область
СообщениеДобавлено: Ср 13 Июнь 2007 13:14    Заголовок сообщения: Ответить с цитатой

Цитата:
резкость картинки определяется не столько неупругим рассеянием в образце, сколько размером исходного пучка.
Это, кстати, как? Если все равно на просвет... Rolling Eyes
Посмотреть профиль Отправить личное сообщение Отправить e-mail
Dusha
Дед

Сообщения: 2197
Зарегистрирован: 23.01.2003
СообщениеДобавлено: Ср 13 Июнь 2007 14:31    Заголовок сообщения: Ответить с цитатой

Цитата:

Это, кстати, как? Если все равно на просвет

Так картинка НЕ формируется линзами после образца, соответственно их хроматическая аберрация вклада не дает Smile

_________________
- Мудрый Каа, что же нам делать?!!
- Ждитессссссс.......
Посмотреть профиль Отправить личное сообщение
Dan758
Дед

Сообщения: 1276
Зарегистрирован: 28.01.2004
Откуда: Челябинск
СообщениеДобавлено: Чт 14 Июнь 2007 20:22    Заголовок сообщения: Ответить с цитатой

Размер исходного пучка? Извините, не догоняю...
Разъясните, плз...

_________________
Цапу надо было крутить! Цапу! (c)
"Я не профессионал, я широко и раскованно мыслящий дилетант" (c)
Посмотреть профиль Отправить личное сообщение Отправить e-mail ICQ Number
Dusha
Дед

Сообщения: 2197
Зарегистрирован: 23.01.2003
СообщениеДобавлено: Чт 14 Июнь 2007 21:36    Заголовок сообщения: Ответить с цитатой

Цитата:

Размер исходного пучка?

Ну, как водится в скане, разрешение определяется в первую очередь тем, насколько можно сфокусировать пучок. Что тут непонятного?

_________________
- Мудрый Каа, что же нам делать?!!
- Ждитессссссс.......
Посмотреть профиль Отправить личное сообщение
Zhizh
Новенький

Сообщения: 14
Зарегистрирован: 07.02.2007
Откуда: Москва
СообщениеДобавлено: Чт 14 Июнь 2007 21:50    Заголовок сообщения: Ответить с цитатой

Dusha писал(а):

При больших толщинах электроны в основном рассеиваются неупруго, с потерей энергии. Из-за хроматической аберрации объектива электроны разных энергий фокусируются в разных плоскостях, поэтому картинка получается размытая. Возможный выход из положения - отфильтровать электроны определенной энергии и формировать изображение только в них. В этом случае имеет смысл выбирать энергию с максимальным "содержанием" электронов. При малых толщинах - это нулевые потери, начиная же с определенной толщины максимум распределения начинает смещаться и поэтому интересно следовать за ним.
В автоматических системах регистрации томограмм сейчас есть схемы, которые отслеживают пик интенсивности на спектре потерь (он будет зависеть от толщины, а значит и от угла наклона) и регистрируют картинку именно на этом пике.
Но для этого на микроскопе должен быть как минимум энергетический фильтр.
Насчет сканирования: если Ваш прибор позволяет получать картинки в сканируещем напросвет режиме, то это решает много проблем (экспериментальных). Дело в том, что детектору в скане наплевать на энергию электронов, резкость картинки определяется не столько неупругим рассеянием в образце, сколько размером исходного пучка. Поэтому сканирующие картинки от толстых образцов выглядят намного лучше, чем простой просвет. Есть еще одно преимущество, связанное с глубиной резкости, но об этом лучше потом.

Я с удовольствием почитаю теорию, раз уж она присела на мозги и хочется замутить томограмму тонких резов, но через месяцок - как магистерскую защищу.
Томософта пока нет, вот скачиваем пока IMOD, но пока не разобпрался, не было времени что и как...Начинать, верно, с этого нужно? Или IMOD уже вчерашний день? Просто я напрямую с 3D реконструкцией не сталкивался, посему позвольте позадаю глупых вопросовSmile
Аппарат Хитачи 120 киловольтный, с гониометром на 70 градусов, к сожалению машина пока завяла, вместе с инженером, но как инжеренер выздоровеет попытаемся восстановить её работоспособность...
Дисер Амбросимова, раз рекомендуете, попробую найти.


Последний раз редактировалось: Zhizh (Чт 14 Июнь 2007 22:22), всего редактировалось 2 раз(а)
Посмотреть профиль Отправить личное сообщение
Zhizh
Новенький

Сообщения: 14
Зарегистрирован: 07.02.2007
Откуда: Москва
СообщениеДобавлено: Чт 14 Июнь 2007 21:56    Заголовок сообщения: Ответить с цитатой

Dusha писал(а):
При больших толщинах электроны в основном рассеиваются неупруго, с потерей энергии. Из-за хроматической аберрации объектива электроны разных энергий фокусируются в разных плоскостях, поэтому картинка получается размытая. Возможный выход из положения - отфильтровать электроны определенной энергии и формировать изображение только в них. В этом случае имеет смысл выбирать энергию с максимальным "содержанием" электронов. При малых толщинах - это нулевые потери, начиная же с определенной толщины максимум распределения начинает смещаться и поэтому интересно следовать за ним.
В автоматических системах регистрации томограмм сейчас есть схемы, которые отслеживают пик интенсивности на спектре потерь (он будет зависеть от толщины, а значит и от угла наклона) и регистрируют картинку именно на этом пике.
Но для этого на микроскопе должен быть как минимум энергетический фильтр.
Насчет сканирования: если Ваш прибор позволяет получать картинки в сканируещем напросвет режиме, то это решает много проблем (экспериментальных). Дело в том, что детектору в скане наплевать на энергию электронов, резкость картинки определяется не столько неупругим рассеянием в образце, сколько размером исходного пучка. Поэтому сканирующие картинки от толстых образцов выглядят намного лучше, чем простой просвет. Есть еще одно преимущество, связанное с глубиной резкости, но об этом лучше потом.

Это почва для обдумывания...Спасибо. Вопросы потом задам. С уважением.
Посмотреть профиль Отправить личное сообщение
Dusha
Дед

Сообщения: 2197
Зарегистрирован: 23.01.2003
СообщениеДобавлено: Чт 14 Июнь 2007 22:40    Заголовок сообщения: Ответить с цитатой

Цитата:

Или IMOD уже вчерашний день?

IMOD - один из лучших пакетов в настоящее время. По крайней мере, процедуры выравнивания там наиболее продвинутые из доступных программ.
Я выложил в библиотеку свои скрипты для DM для выравнивания и реконструкции, но в них точно без бутылки не разберешься.
Цитата:

Дисер Амбросимова, раз рекомендуете, попробую найти.

В библиотеке, раздел диссеры.

_________________
- Мудрый Каа, что же нам делать?!!
- Ждитессссссс.......
Посмотреть профиль Отправить личное сообщение
Zhizh
Новенький

Сообщения: 14
Зарегистрирован: 07.02.2007
Откуда: Москва
СообщениеДобавлено: Чт 14 Июнь 2007 22:46    Заголовок сообщения: Ответить с цитатой

Спасибо, весьма благодарен.
Посмотреть профиль Отправить личное сообщение
pust2
Бывалый

Сообщения: 327
Зарегистрирован: 07.08.2006
Откуда: Владивосток
СообщениеДобавлено: Пн 18 Июнь 2007 10:08    Заголовок сообщения: Ответить с цитатой

Всем привет!
К вопросу о томографии, а кто-нибудь юзал курсы - http://www.3dem-noe-training.org/
Там есть про томографию, думаю может сгонять пока деньги есть Smile
Посмотреть профиль Отправить личное сообщение Посетить сайт автора
Dusha
Дед

Сообщения: 2197
Зарегистрирован: 23.01.2003
СообщениеДобавлено: Пн 18 Июнь 2007 10:24    Заголовок сообщения: Ответить с цитатой

Да, это сильная команда.
Но в основном ориентация на биологов. Хотя основы для всех основные Smile

_________________
- Мудрый Каа, что же нам делать?!!
- Ждитессссссс.......
Посмотреть профиль Отправить личное сообщение
pust2
Бывалый

Сообщения: 327
Зарегистрирован: 07.08.2006
Откуда: Владивосток
СообщениеДобавлено: Пн 18 Июнь 2007 10:28    Заголовок сообщения: Ответить с цитатой

Отправил заявку, посмотрим, а то, что биологические объекты, так мне как говориться "фиолетово", что смотреть...
И попутно вопрос, что за зверь
Цитата:

IMOD - один из лучших пакетов в настоящее время
, где можно взять?
Посмотреть профиль Отправить личное сообщение Посетить сайт автора
pust2
Бывалый

Сообщения: 327
Зарегистрирован: 07.08.2006
Откуда: Владивосток
СообщениеДобавлено: Пн 18 Июнь 2007 10:46    Заголовок сообщения: Ответить с цитатой

Частенько бывает, задашь вопрос, а потом думаешь Shocked
Вспомнил, как-то я пытался использовать этот пакет, только он потребовал CygWin - эмулятора линуха на винде, тяжко было - бросил. Сейчас поищу, попробую может появилась альтернатива...
Посмотреть профиль Отправить личное сообщение Посетить сайт автора
Показать сообщения:   
Начать новую тему   Ответить на темуОтветить
Страница 1 из 2 На страницу 1, 2  След.


о проекте || новости || публикации || оборудование || события
фотогалерея
|| форум || спонсоры || ссылки

©2002 - Microscopist.ru - портал микроскопистов
:главная :контакты :карта сайта :faq :помощь Rambler's Top100 Рейтинг@Mail.ru
Powered by phpBB © 2001-2003 phpBB Group | Часовой пояс: GMT + 3